Interrogé par So Foot, le Slovène a détaillé la joie d’évoluer sous le maillot olympien de 2005 à 2009, avec un prêt lors de la saison 2007-2008 : « Pour commencer, avant d’arriver à Marseille, je me suis préparé psychologiquement. Je connaissais bien évidemment le club, dont Marcel Desailly qui était l’un de mes joueurs préférés. Jouer à l’OM a été une fierté indescriptible. Pour mon premier match en Ligue 1, on jouait au Vélodrome contre Troyes, c’était le bordel en tribunes ! Nous avons gagné, mais je me suis gravement blessé à la cheville. Je ne l’ai dit à personne, car je ne voulais pas sortir du onze. (…) L’entraîneur le plus marquant lors de mon passage à l’OM ? Jean Fernandez a vraiment été essentiel pour moi. C’est lui qui a décidé de me recruter, et rien que pour ça, je me devais de me donner à fond. Lorsque tu as la confiance du coach, tu as fait la majeure partie du travail. J’ai joué énormément de rencontres sous sa direction. Malheureusement, après la cheville, j’ai eu une autre grosse blessure : une fracture du crâne face à Metz. J’avais la tête en miettes et je ne me souviens quasiment de rien. Sportivement, ça a complètement achevé mon passage à Marseille. »
Durant les trois saisons qu’il a passé à l’OM, Boštjan Cesar n’a disputé que 39 rencontres sous le maillot phocéen.
