En octobre 2020, Michaël Cuisance est prêté par le Bayern Munich à l’OM pour venir apporter de la créativité dans le groupe d’André Villas Boas. Le technicien portugais sera finalement débarqué quelques mois plus tard et en fin de saison, le Français inscrira ses deux seuls buts sous les ordres de Jorge Sampaoli, offrant notamment la victoire face au Stade Rennais grâce à une réalisation en fin de rencontre mi-mars. Insuffisant malgré tout pour que son option d’achat soit levée par le club.
Dans une interview pour SoFoot, l’actuel joueur du VfL Osnabrück, lanterne rouge de deuxième division allemande, s’est confié sur son difficile passage à l’OM : « Disons que j’avais failli perdre ma volonté de travailler, ce petit truc qui fait que tu te lèves le matin en étant content d’aller à l’entraînement. Le contexte à cette époque a favorisé tout cela. C’était aussi pendant la période Covid, c’était compliqué, mais ça permet de se renforcer, de jouer là-bas. Quand tu es à l’OM, ça peut être tout ou rien. Quand tout va bien, ça va aussi avec les supporters. Malheureusement, cette saison ne s’est pas bien passée. J’ai quand même connu trois entraîneurs en quelques mois (André Villas-Boas, Nasser Larguet et Jorge Sampaoli). Il y a aussi l’épisode de la Commanderie, avec les supporters qui sont frustrés de ne pas venir au stade et qui ont fini par débarquer au centre d’entraînement. Mais c’était assez fou d’en arriver là. Je recevais des insultes sans cesse sur les réseaux sociaux, j’ai eu ma dose à Marseille. »
Durant son passage à Marseille, Michaël Cuisance a disputé 30 rencontres toutes compétitions confondues et a inscrit deux buts.
